По поручению Министра здравоохранения Российской Федерации М.А. Мурашко и в рамках исполнения государственного задания, Российским Консорциумом по секвенированию генома коронавирусов под руководством ФГБУ «НИИ гриппа им. А.А. Смородинцева» Минздрава России проведено секвенирование 1547 полных геномов вирусов SARS-CoV-2, циркулирующих в Российской Федерации. Генетическим надзором охвачены 56 регионов страны. В настоящее время на территории Российской Федерации доминирует генетический клайд GR (89% всех циркулирующих вирусов), представленный в основном генетической линией B.1.1 и ее производными. Данная линия возникла в конце февраля 2020 года, встречается в мире повсеместно и составляет более 55% генетического разнообразия вирусов SARS-CoV-2 в России. Всего в стране зафиксировано более 77 дочерних генетических линий B.1.1.x, однако большинство из них представлены единичными вирусами и не имеют широкого географического распространения.
Анализ доступных в международной базе данных GISAID последовательностей геномов SARS-CoV-2 из России демонстрирует их невысокую изменчивость. Большинство исследованных вирусов отличаются не более, чем на 25 нуклеотидов от исходного «уханьского» вируса. Проведенный анализ изменений в структуре поверхностного белка S (белок шипа) показал, что большинство вирусов (63,4%) отличались от него лишь на один аминокислотный остаток. В подавляющем большинстве случаев имела место мутация D614G, характерная для представителей клайда G и его производных GH и GR, имеющих глобальное распространение. В свою очередь, 33,3% циркулирующих вирусов несут 2-3 замены, и лишь 2,9% имеют 4 и более замен.
Определена частота встречаемости отдельных мутаций SARS-CoV-2 в сравнении с другими странами. Например, ранее уже привлекавшая внимание замена M153T в S-белке, чаще обнаруживается среди российских изолятов. Выявлен ряд замен, находящихся под действием эволюционного отбора: Q675R в S-белке и A211V в N-белке, количество которых имеет тенденцию к нарастанию в российской популяции. Функциональное значение данных замен для вируса пока не известно. Вместе с тем, штаммы, обладавшие такими заменами не связаны с утяжелением клинической картины заболевания.
Cреди вирусов, выявленных в России, в настоящее время не обнаружено вариантных штаммов из Великобритании (за исключением завозного случая в декабре), Бразилии, ЮАР и США. Мониторинг таких штаммов продолжается на постоянной основе.
Полученные к настоящему моменту данные свидетельствуют о невысокой скорости изменчивости возбудителя COVID-19 и эффективности применяемых российских вакцин против коронавирусной инфекции. Продолжающаяся массовая вакцинация населения нашей страны будет способствовать эффективному контролю числа случаев заболевания наряду с другими мерами сдерживания эпидемии.
Генетическое разнообразие вирусов SARS-CoV-2 в России
Публикации по теме:
-
Bazykin G., Stanevich O., Danilenko D. et al. Emergence of Y453F and Δ69-70HV mutations in a lymphoma patient with long-term COVID-19. https://virological.org/t/emergence-of-y453f-and-69-70hv-mutations-in-a-...
-
Komissarov A., Safina K., Garushyants S. et al. Genomic epidemiology of the early stages of the SARS-CoV-2 outbreak in Russia. Nat Commun 12, 649 (2021). https://doi.org/10.1038/s41467-020-20880-z
-
Alm E., Broberg E.K., Connor T. et al. Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020. Eurosurveillance, 25, 2001410 (2020), https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.32.2001410
-
Melidou A., Pereyaslov D., Hungnes O. et al. Virological surveillance of influenza viruses in the WHO European Region in 2019/20 – impact of the COVID-19 pandemic. Eurosurveillance, 25, 2001822 (2020), https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.46.2001822
/
Новости
