В период с 01.04.2024 по 27.06.2024 в ФГБУ «НИИ гриппа им. А.А. Смородинцева» Минздрава России прошел стажировку по дополнительной профессиональной программе – программе повышения квалификации «Секвенирование нового поколения с использованием оборудования Illumina и Oxford Nanopore. Биоинформационный анализ данных» в рамках работы над проектом «Выявление трансмиссии вирусов гриппа в интерфейсе человек-животные в Казахстане» (468 академических часов) научный сотрудник ТОО «НПЦ микробиологии и вирусологии» (г. Алматы, Республика Казахстан) Сактаганов Н.Т., получивший международную стипендию «Болашак».
В процессе стажировки изучены и освоены умения сборки и преобразования данных, получаемых с таких приборов для высокопроизводительного секвенирования, как Illumina, NextSeq и Oxford Nanopore, Minion; выравнивание полученных последовательностей с использованием референсных последовательностей из базы данных GenBank и NCBI. Отработаны профессиональные навыки по пробоподготовке библиотек с использованием оригинальных реактивов компаний Illumina и Oxford Nanopore, оценке качества получаемых библиотек, загрузки и обслуживания приборов для высокопроизводительного секвенирования.
В рамках работы над проектом получены полногеномные последовательности для 12 вирусов гриппа А из первичных образцов от людей и животных, собранных в Республике Казахстан, проведен их филогенетический анализ. Все последовательности выложены в международную базу данных EpiFlu GISAID.
По результатам прохождения стажировки были выдано удостоверение о повышении квалификации государственного образца.
/
Новости
