В соответствии с Уставом Института Ученый совет является одним из органов управления и формируется из числа ведущих ученых, как работающих в Институте, так и являющихся сотрудниками других научных организаций.

Ученый совет Института выполняет следующие функции:

• Рассматривает и утверждает основные направления и темы научно-исследовательских работ (НИР).
• Рассматривает и утверждает планы НИР и развития Института, перспективные планы НИР исходя из государственных заданий, профиля Института, его научных и экономических интересов, и представляет их в Минздрав России.
• Рассматривает и утверждает годовые отчеты Института и представляет их в Минздрав России.
• Рассматривает вопросы подготовки научных кадров, избрания по конкурсу.
• Утверждает темы кандидатских и докторских диссертаций.
• Рассматривает структуру Института в соответствии с направлениями и задачами научной и лечебной деятельности, ее изменения и вносит предложения на утверждение директору.
• Выдвигает научные труды, открытия, изобретения на присуждение именных и государственных премий.
• Рассматривает и представляет кандидатуры для выдвижения кандидатами в действительные члены (академики) РАН и члены-корреспонденты РАН и других государственных академий наук.
• Рассматривает Устав Института, и предлагает изменения и дополнения, в действующий Устав Института.
• Рассматривает другие вопросы научной, научно-организационной, финансово-экономической и хозяйственной деятельности Института.

Ученый совет вправе принимать решения, если на заседании присутствует не менее двух третей его состава. Решение Ученого совета считается принятым, если за него проголосовало более половины присутствующих на заседании членов Ученого совета.

По вопросам работы Ученого совета обращаться к секретарю совета — Лобовой Тамаре Геннадиевне, тел.: +7 (812) 499–15–04, e-mail: lobova@influenza.spb.ru