Национальный Центр по гриппу (Центр) при НИИ гриппа — участник Глобальной системы надзора за гриппом (GISRS) Всемирной организации здравоохранения, образован на базе Института в 1971 году.

Основная задача деятельности Центра состоит в регулярном интегративном анализе ситуации по гриппу в России на основе обобщения данных заболеваемости и лабораторной диагностики, поступающих из 49 базовых лабораторий Федерального Центра по гриппу и ОРЗ. Центр осуществляет расшифровку природы заболеваемости в разных регионах России по данным выделения вирусов и лабораторной диагностики гриппа и других ОРВИ. В деятельности Центра принимают непосредственное участие 4 научных лаборатории института, где выполняются исследования антигенной и генетической структуры вирусов гриппа, циркулирующих в России, проводится их филогенетический анализ, определяется чувствительность новых изолятов к противовирусным препаратам («Ремантадину» и «Озельтамивиру»), а также готовятся наборы реагентов, необходимых для осуществления лабораторного надзора за гриппом.

Центром осуществляется представление вновь выделенных штаммов вирусов гриппа А и В в Сотрудничающие центры ВОЗ по гриппу в Лондоне (NIMR) и Атланте, США (CDC). Данные по характеристике российских изолятов используются при подготовке рекомендаций ВОЗ по составу вакцин на предстоящий эпидемический сезон. Центр получает из ВОЗ референс-штаммы вирусов гриппа, предназначенные для производства вакцин, диагностических препаратов и научных исследований. Подготовленная в режиме автоматизированной обработки информация по гриппу еженедельно направляется Центром в штаб-квартиру ВОЗ, шесть Сотрудничающих исследовательских референс-центров ВОЗ по гриппу в США, Великобритании, Австралии, Японии и Китае, и ряд Национальных центров, а также вводится в электронные базы данных ВОЗ («FluNet») и Европейского регионального отделения ВОЗ (EuroFlu). Данные по надзору за гриппом в России еженедельно представляются в Роспотребнадзор, а также направляются в базовые лаборатории ФЦГ. Помимо сказанного, Центром ежегодно готовятся Итоговые доклады и публикации по мониторингу за текущими эпидемиями гриппа в РФ.

Лаборатории Центра участвуют в выполнении Международного проекта по дальнейшему усовершенствованию надзора за гриппом в России (в сотрудничестве с СЦ ВОЗ в Атланте, США).

В рамках деятельности Центра осуществляется регулярное взаимодействие с Опорными базами ФЦГ, оказывается консультативная помощь, проводятся рабочие совещания, учебные семинары, а также организуются международные конференции с участием экспертов ВОЗ.

Ведущие специалисты Центра принимают участие в работе Совещаний ВОЗ по вопросам штаммовой композиции гриппозных вакцин на предстоящий эпидемический сезон, усовершенствованию системы GISN и методов лабораторного надзора.